Dilahirkan di Seattle pada tahun 1960, Thayil dibesarkan di pinggir bandar Park Forest. Ibu bapanya berasal dari negeri Kerala di India ke Seattle. Bapanya Boniface Thayil memperoleh ijazah dalam bidang kejuruteraan kimia, mendapat pekerjaan di Chicago dan berpindah ke sana bersama keluarganya. Thayil mula menulis lirik pada usia 12 tahun.